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IllustratorCS2の場合、アプリケーションから直接PDFを作る事ができます。
 
PDFのサイズはIllustratorのメニューの「ファイル」→「ドキュメント設定」のアートボードの設定のサイズになりますので、トンボをつけないのであれば、仕上がりサイズ+6mmのサイズに設定します。

 

トンボ付きのデータを作成する場合には、メニューの「フィルター」→「クリエイト」→「トリムマーク」で作成したトンボを選択した後、表示されるサイズに用紙設定を変更した後に、ルーラーの原点を初期位置に動かした後（ルーラーを表示して、ウィンドウの左上のルーラーの交差する所をダブルクリック）、トンボの位置が左下原点でX0,Y0の位置になるように動かします。

 

用紙設定と位置の調整が終わったらメニューの「ファイル」→「別名で保存...」を実行し、任意の名前を付けた後にフォーマットに"Adobe PDF(pdf)"を選択して保存ボタンを押します。PDFの設定画面が表示されますので、各設定を下記の画像と同様に設定してPDFを作成します。
※設定完了後「プリセットを保存...」ボタンを押すことで設定を保存して、他のファイルを同様の設定でPDFにする事が可能です。