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IllustratorCS以前の場合、アプリケーションから直接PDFを作る機能があるバージョンのIllustratorもありますが、一度EPSファイルとして保存してからPDFに変換する方が、弊社の経験上では問題は少ないです。
 
EPSで保存する時の設定方法は各バージョン共通で、

• 画像を含めて保存する。
• フォントを埋め込む。
• レベル3で保存できる場合は、レベル3で保存。
• バージョンのコンバートを行わない。

になります。
透明や効果機能があるバージョンでその機能を利用している時は、画像をすべて埋め込み、特色はすべてプロセスに変換して、用紙設定やEPS保存時の透明設定の品質を100（スライダーバーを一番右）に設定する必要があります。
 
また、保存したEPSから作られるPDFのサイズはデータのバウンディングボックスのサイズになりますので、仕上がり位置をPDFのセンターにいれる為に、トンボの外にオブジェクトがある場合にはデータ上でマスクをかける必要があります。
 
※Acrobat DistillerでのPostScriptファイルのPDFへの変換につきましては「PDF作成方法」内の「Acrobat Distiller」をご参照ください。